這是由于綠肥在溶解全過程中造成的危害功效有以下幾個方面。
二是綠肥在溶解全過程中會造成一些危害的有機物等化學物質，并非常容易使土壤層氧氣不足，危害種子萌發和根莖的生長發育，尤其是小苗根莖的生長發育。水生蔬菜田使用太多的綠肥，常使水生蔬菜在生孕前期，造成 茶葉的顏色變黃，根處生長發育遇阻，比較嚴重時根莖發黑爛掉，綠肥施后的2周內非常容易對農作物造成危害，應造成留意。
三是在綠肥溶解全過程中，微生物菌種必須消化吸收必須氮來構成它自己的細胞體，因而很有可能產生微生物菌種與農作物爭氮的狀況，導致農作物無法得到充足的氮。
因而，綠肥使用量不適合過大，尤其是發生欠佳的水生蔬菜尤應當留意操縱使用量，提升翻地品質，犁翻后深耕細耙，產生施肥融為一體，有益于綠肥溶解。相互配合使用石灰粉，提升綠肥溶解。若已發生中毒副作用發僵時，1畝可使用嵌縫石膏1.5-2.5千克。
